Pada tahun 1961, Tunku Abdul Rahman mendapati rakyat Sabah dan Sarawak salah faham tentang gagasan Malaysia. Persidangan Persatuan Parlimen Komanwel diadakan di Singapura untuk membincangkan gagasan ini, dengan wakil dari Barisan Bersatu yang dihantar oleh British.
Sungguhpun Setiausaha Agung Bangsa-Bangsa Bersatu (PBB) menegur pengumuman Tanah Malayu tentang tarikh baru penubuhan Malaysia itu sebelum laporannya dikeluarkan tetapi ini adalah lebih dari segi prosedur. Pada hakikatnya, laporam itu mengesahkan bahawa sebahagian besar rakyat Sabah dan Sarawak telah diberi peluang menyatakan pendirian mereka dan mereka telah menyokong penubuhan Malaysia. Kemahuan rakyat sebagaimana yang ditunjukkan oleh Laporan Suruhanjaya Cobbold adalah benar. Sebenarnya, satu pilihan raya telah diadakan di Sabah sebelum tinjauan Michaelmore dan parti-parti politik yang menyokong penubuhan Malaysia telah menang. Akhirnya, pada 16 September 1963, Malaysia diisytiharkan secara rasminya.
Pada 20 Januari 1963, Dr. Subandrio mengumumkan dasar konfrontasi terhadap gagasan Malaysia. Konfrontasi adalah satu dasar tentangan yang dibuat oleh Indonesia terhadap rancangan Malaysia baik dari segi ekonomi ataupun kemasyarakatan. Pada peringkat awalnya Indonesia mengatakan ia tidak akan melancarkan konfrontasi tentera. Tentangan daripada Indonesia ini akhirnya meluas hinggalah timbul pertentangan tentera di antara Indonesia dengan Tanah Melayu, dan kemudiannya terhadap Malaysia. Pada masa itu, Britsh turut serta mempertahankan Tanah Melayu dan juga wilayah-wilayah British di Borneo dan Singapura. Kemudian, Indonesia bersetuju meminta Suruhanjaya PBB bagi meninjau semula pandangan penduduk Sabah dan Sarawak mengenai Malaysia. Laporan PBB menunjukkan rakyat Sabah dan Sarawak menyokong Malaysia tetapi Indonesia enggan mengakui.
Pada mulanya, Indonesia mengalu-alukan pembentukan Malaysia. Namun, Parti Komunis Indonesia (PKI) di bawah D.N. Aidit menyifatkan ia merupakan satu penjajahan baru yang mengancam Indonesia
Tentangan daripada Filipina
Malaysia tidak dapat menerima tuntutan Filipina ini kerana Malaysia tidak pernah menyalahi apa-apa syarat pun sebagaimana yang terkandung dalam surat perjanjian antara Sultan Sulu dan Baron Von Overbeck, pada tahun 1878. Rakyat Sabah juga telah bersetuju membuat keputusan untuk menyertai Malaysia. Akhirnya, Filipina juga mengiktiraf Persekutuan Malaysia pada Jun 1966.
Kerajaan British tidak melayan tuntutan tersebut dan enggan mengakui kedaulatan Filipina ke atas Sabah. Kerajaan Filipina juga mengemukakan tuntutan yang sama kepada Tanah Melayu tetapi ditolak.
Apabila Jawatankuasa Perundingan Perpaduan Malaysia (MSCC) dan Suruhanjaya Cobbold menunjukkan sokongan kepada penubuhan Malaysia, Filipina telah menuntut hak ke atas Sabah bagi waris Sultan Sulu pada 22 Jun 1962.
Tentangan daripada Brunei
A.M Azahari mempunyai hubungan rapat dengan Indonesia dan dianggap sebagi seoarng yang memperjuangkan kepentingan Indonesia, khususnya dalam usaha Indonesia hendak menggagalkan penubuhan Malaysia. Parti Rakyat Brunei (PRB) menang dalam pilihanraya Majlis Daerah dan Majlis Undangan yang diadakan pada bulan Ogos dan September 1962. Kemenangan ini menyakinkan Azahari bahawa rakyat Brunei turut menentang gagasan Malaysia. Selain itu, Azahari juga merasa dirinya kuat kerana Filipina dan Indonesia menyokongnya. Dengan keyakinan bahawa gagasan ini akan gagal, Parti Rakyat Brunei (PRB) melancarkan pemberontakan bersenjata pada 7 Disember 1962. Pemberontakannya ditumpaskan oleh Kerajaan Brunei dengan bantuan tentera dari British dan Tanah Melayu. Azahari melarikan diri ke Filipina dan mengisytiharkan dirinya sebagai Perdana Menteri dan Sultan Omar Ali Saifudin sebagai Ketua Kerajaan Persekutuan Borneo Utara.
Parti Rakyat Brunei (PRB) dan golongan lain juga khuatir kalau penyertaan Brunei dalam Malaysia akan menyebabkan Brunei kehilangan sebahagian besar kekayaannya.
Parti Rakyat Brunei (PRB) yang dipimpin oleh A.M. Azahari menentangnya. A.M. Azahari menentang gagasan ini kerana Brunei akan menjadi jajahan Malaysia. Beliau mahukan Brunei merdeka dahulu sebelum menyertai Malaysia. Beliau juga merancang menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak menjadi Persekutuan Borneo Utara di bawah pimpinan Sultan Brunei.
Semasa Suruhanjaya Cobbold menjalankan tugasnya di Sabah dan Sarawak, kerajaan Brunei juga telah mengadakan satu tinjauan tentang sikap penduduk Brunei terhadap gagasan Malaysia. Adalah difahamkan bahawa sebahagian besar penduduk Brunei tidak bersetuju Brunei menganggotai Malaysia. Sikap orang Brunei ini bolehlah dikatakan akibat daripada pengaruh Parti Rakyat Brunei (PRB).
Sabah dan Sarawak tidak menyertai Malaysia
Pada bulan Jun 1961, Tunku Abdul Rahman berangkat ke Sabah dan Sarawak dan mendapati rakyat di sana telah salah faham mengenai gagasan Malaysia. Oleh itu, sebuah persidangan Persatuan Parlimen Komanwel diadakan di Singapura pada Julai 1961. Beberapa orang daripada Barisan Bersatu telah dihantar oleh British ke persidangan ini. Mereka membincangkan tentang gagasan Malaysia. Akhirnya, Jawatankuasa Perundingan Perpaduan Malaysia (JPPM) ditubuhkan untuk mengumpulkan pendapat Sabah dan Sarawak mengenai gagasan ini. Pada bulan Ogos 1961, Abang Haji Mustapha (Pengerusi PANAS) menyokong gagasan Malaysia. Kemudian, Donald Stephen dan Dato' Mustapha turut menyokong gagasan ini selepas melawat ke Tanah Melayu dan berunding dengan Tunku Abdul RahmanSekiranya Sabah dan Sarawak tidak menyertai Malaysia, maka tiada kerajaan Malaysia seperti yang ada sekarang. Oleh itu, satu suruhanjaya telah dibentuk iaitu Suruhanjaya Cobbold yang dibentuk hasil daripada rundingan yang telah diadakan di antara kerajaan Tanah Melayu dengan kerajaan British pada bulan November 1961. Tujuan suruhanjaya ini ialah untuk meninjau pendapat penduduk di Sabah dan Sarawak tentang gagasan Malaysia.
Pemimpin di kesua-dua negeri menganggap gagasan Malaysia merupakan satu helah untuk meluaskan kuasa Tanah Melayu dan menggantikan penjajahan British.
Mereka takut kedudukan politik mereka terjejas. Mereka juga bimbang keperibadian negeri masing-masing akan hilang. Golongan peniaga Cina pula bimbang kuasa ekonomi akan dirampas oleh Tanah Melayu dan Singapura. Selain itu, mereka juga berpendapat Sabah dan Sarawak perlu diberi kemerdekaan dahulu sebelum menyertai Malaysia. Kaum bumiputera bukan Islam turut menentang gagasan Malaysia. Bantahan mereka disuarakan melalui Parti Kebangsaan Sarawak (SNAP), Pertubuhan Kebangsaan Kadazan Bersatu (UNKO) dan sebagainya.
Pemimpin-pemimpin di kedua-dua negeri ini membentuk Barisan Bersatu pada 9 Julai 1961 bagi menentang gagasan Malaysia.
Singapura memasuki Malaysia
kerajaan British telah merancang bahawa pada pertengahan tahun 1963, perlembagaan Singapura akan dipinda untuk membolehkan singapura menjadi sebuah negara merdeka, dan satu pilihan raya akan diadakan. Bagi kerajaan Tanah Melayu, kalau pilihan raya diadakan di Singapura pada pertengahan tahun 1963, maka besar kemungkinan golongan kiri di Singapura akan dapat mengalahkan Parti Tindakan Rakyat dan berkuasa di Pulau itu. Keadaan sedemikian akan merumitkan kedudukan Tanah Melayu yang mempunyai hubungan yang luas dengan Singapura, baik dari segi politik ataupun ekonomi. Kalau wujud satu kerajaan yang mirip ke kiri Singapura, maka gerakan komunis di Tanah Melayu mungkin mendapat sokongan dari Singapura. Ini akan menambahkan masalah kerajaan Tanah Melayu.
Melihat perkembagan politik Singapura, iaitu golongan kiri telah bertambah kuat pengaruhnya dan Parti Tindakan Rakyat yang diketuai oleh Lee Kuan Yew telah bertambah merosot kedudukanya, maka kerajaan Tanah Melayu berasa khuatir kalau keadaan yang sedemikian dibiarkan, maka golongan kiri, termasuk komunis, mungkin dapat berkuasa di Singapura.
permintaan Singapurauntuk turut serta dalam Persekutuan Tanah Melayu tidak mendapat sambutan daripada kerajaan Perikatan
