Basado en la transmisión de la luz, que ocurre cuando la luz (fotones) atraviesa la superficie de un objeto
Puede ser
Microscopio de campo claro
Microscopio de campo oscuro
Microscopio de contraste de fases
Microscopio de contraste de interferencia
Microscopio invertido
Basado en la luz reflejada, que ocurre cuando la luz (fotones) llega a un objeto y rebota en él
Puede ser
Microscopio de fluorescencia (epifluorescencia)
Microscopio de luz ultravioleta
Utiliza in flujo de electrones, en vez de fotones. El flujo de electrones llega a un objeto y lo atraviesa
Puede ser
Microscopio de barrido de sonda SEM
Microscopio de sonda de electrones
Microscopio de transmisión TEM
Microscopio de barrido y transmisión
Es un microscopio óptico de fluorescencia que utiliza la luz focalizada en un plano